除菌过滤器最重要的就是消毒了，高温蒸汽消毒是给除菌过滤器进行消毒处理很有效的办法了，使用饱和高温蒸汽并保持一段时间可以杀死活动微生物。同其它消毒方法相比，高温蒸汽消毒的优点在于可以同时对整个过滤器系统中的任何部位进行消毒处理，而采用此方法的缺点在于消毒过程中会使除菌过滤器的滤芯同时承受热应力和机械应力。

　　除菌过滤器滤芯在消毒过程中需要在121℃温度下保持30分钟。蒸汽的温度和保持时间必须达到要求从而能够确保消毒干净，消毒过程必须要采用纯净、饱和高温蒸汽（通过过滤使其精度达到1μm），而且消毒过程中必须始终保持蒸汽的饱和性。
　　使整个过滤器系统达到消毒温度的时间取决于蒸汽的流速和系统的实际尺寸，消毒蒸汽的保持时间须从过滤器系统温度最低的部位达到消毒温度时算起。只有当过滤器系统内部全部充满着消毒蒸汽，而且产生的冷凝液可以从排放阀门自由流出时，才可以确认达到了消毒温度。消毒过程中，不锈钢壳体除菌过滤器的通气口应稍稍打开，从而确保过滤器内充满足够的饱和蒸汽；铸铝壳体除菌过滤器的滤芯应单独消毒处理。
　　每个除菌过滤器的滤芯在使用之前都应该进行消毒处理：
　　消毒周期
　　压力为1.1bar，温度为100°C饱和蒸汽条件下，滤芯最多可消毒使用120次；
　　压力为2.0bar，温度为121°C饱和蒸汽条件下，滤芯最多可消毒使用100次；
　　压力为4.0bar，温度为138°C饱和蒸汽条件下，滤芯最多可消毒使用50次；