除菌过滤器采用定期灭菌的介质来阻隔空气中所含有的微生物，以取得无菌空气。由于微生物在富营养的发酵环境中有异常活跃的生命繁衍特征，因此，除菌过滤器在结构上有以下一些特点：

　　1、除菌过滤器的滤芯穿透率要非常小，根据对数穿透定律，穿透率是滤层厚度的函数，增加滤层厚度可使得穿透率下降，所以除菌过滤器的滤芯层厚度跟其他过滤器相比较厚，然而滤芯的厚度增加，必然会导致阻力上升，在发酵空气压力普遍低于一般气动系统空气压力的背景下，阻力上升情况更为突出，为解决这个矛盾，除菌过滤器的设计滤速必须很低，一般都在0.1m/s以下。
　　2、如果是从过滤度来看，超细纤维滤纸就能达到过滤细菌的目的，但是一般超细纤维滤纸的抗湿性能较差，碰到水分很快就会润湿，这不适合除菌过滤器使用，因为除菌滤芯必须要经过接近200℃高温蒸汽的反复灭菌，这就要求除菌过滤器的滤材应该具有很高的抗湿强度和耐高温性。
　　3、除菌过滤器对辅助材料也有要求，例如所采用密封材料，应该具备粘性强，不易老化脱落，密度高，耐水性好以及能够经受反复热冲击的无胶质卫生材料。
　　4、除菌过滤器的滤壳内部必须杜绝一切容易导致细菌滋生而高温蒸汽又不能达到的死角，实际上，现今使用的除菌过滤器滤壳都采用不锈钢材质制作，圆滑的内表面不存在任何尖角毛刺与任何涂料。
　　5、由于进入除菌过滤器的空气都已经过深度预处理，实际上已没有水滴、油雾等气溶胶粒子，因此凝聚式过滤器的某些特点对它来讲已无实际意义，例如在气流方向上，除菌过滤器都采用从外向内的流动特征，尽可能将菌体阻挡在滤芯外侧更便于消毒灭菌。