除菌过滤器滤芯的消毒必须使用干燥饱和的高温蒸汽消毒，且不要使用过热的蒸汽，蒸汽必须洁净无颗粒无污染，建议使用不锈钢预过滤器。  

同其它消毒方法相比，高温蒸汽消毒的优点在于可以同时对整个过滤器系统中的任何部位进行消毒处理。而采用此方法的缺点在于消毒过程中会使滤芯同时承受热应力和机械应力。  

除菌过滤器滤芯的消毒过程需要在121°C温度下保持30分钟，这样可以杀死活动微生物。蒸汽的温度和保持时间必须达到要求，以便能够确保消毒完全。消毒过程必须采用纯净、饱和的高温蒸汽（通过过滤使其精度达到1μm）；而且消毒过程中必须始终保持蒸汽的饱和性。压力不能过大，以免除菌过滤器滤芯受到巨大压力导致滤芯损坏。每一个滤芯使用之前都应进行消毒处理，另外，除菌过滤器的滤芯必须完整，运输和贮存时都需要有完整的包装保护，而且要保存在洁净干燥的环境中，以免滤芯收到污染。  

除菌过滤器滤芯的消毒周期:  

压力为1.1bar，温度为100°C饱和蒸汽条件下，滤芯最多可消毒使用120次；  

压力为2.0bar，温度为121°C饱和蒸汽条件下，滤芯最多可消毒使用100次；  

压力为4.0bar，温度为138°C饱和蒸汽条件下，滤芯最多可消毒使用50次；